Os quería enseñar una utilidad que utilizo hace tiempo para desfragmentar discos de estaciones de trabajo y servidores. Es fantástica porque incluso soporta linea de comandos y es GNU. Os paso el link.
Yo la utilizo frecuentemente en estaciones de trabajo, poniendolo como salvapantallas del pc, y así consigo optimizar el disco en tiempos muertos. (aunque en este caso, en Vista hay que tocar el UAC)
En el caso de servidores, la suelo aplicar por linea de comandos, en algunos cosas con programador de tareas.
Basta que os bajeis el fichero de versión x32 o x64 y lo descomprimais en la carpeta de sistema para poder utilizarlo.
Existe la posibilidad de ponerle un GUI